Where Penguins Meet Molecules

Articles les plus récents

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  Surveillance des jalons de la biologie synthétique

  29 juin 2023, par S. Téletchéa

  Cette page regroupe quelques liens remarquables ayant comme perspectives la production de composés non naturels inspirés de la nature.
  Cell-free chemoenzymatic starch synthesis from carbon dioxide
  https://www.science.org/doi/10.1126/science.abh4049 The coming of age of de novo protein design
  https://www.nature.com/articles/nature19946 PyPEF—An Integrated Framework for Data-Driven Protein Engineering
  https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jcim.1c00099 Entreprises (…)

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  Parallélisation rapide de code (bio)python

  29 juin 2023, par S. Téletchéa

  Comment exécuter facilement un programme plus rapidement sur un ordinateur moderne ?
  Voici les commandes rapides pour transformer un programme monotâche en python en programme capable d’utiliser tous les processeurs de votre machine.
  Programme exemple monotâche en biopython
  Le code simplifié ci-dessous permet de lire l’ensemble des transcrits du transcriptome de Physarum polycephalum autrement connu sous le nom de BLOB, vous pouvez trouver une présentation sur YouTube de ce petit (…)

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  Making use of BLAST, example on the COVID-19 genome

  28 juin 2023, par S. Téletchéa

  BLAST is a very powerful and widely used method for querying large sequence databases for sequence proximity with a sequence of interest. This difficult problem requires a fast algorithm designed for nucleic and protein sequences only since their alphabet is limited (5 bases for nucleotides, 21 amino acids for protein), but sequence length can be very long (more than 40000 amino). An example of BLAST installation and usage is provided below.
  BLAST Installation
  Basic Local Alignment (…)