Enseignement

En bioinformatique, il est courant de devoir récupérer les informations de différents endroits pour les recouper et les organiser différemment. Par exemple, une liste de gènes d’intérêt peut être identifiée sur le site du National Center for Biotechnology Information (NCBI)) sont disponibles sur le site du [Broad Institute : Genome Aggregration Database (gnomAD)->https://gnomad.broadinstitute.org. Dans cette dernière base de données, la diversité des séquences de chacun de nos gènes est (…)

Dans le cadre d’enseignements de licence, j’ai l’occasion de faire une introduction à l’informatique à des étudiants en deuxième année de biologie, voici ci-après les documents de cours et les TD associés qui sont mis à la disposition des étudiants. Si vous trouvez ces contenus utiles, merci de me contacter pour me l’indiquer, je pourrai vous transmettre les documents au format éditable sans souci. Ces documents sont fournis sous licence creative commons CC-BY-NC-SA (…)

This article contains useful links and documents part of an introductory lecture given to lab member of the US2B laboratory (https://us2b.univ-nantes.fr) in October 2023. This page will be updated regularly to add useful information from their feedback.
As much as possible, the origin and references are given for a more complex introduction to the field, feel free to contact me for further precisions. The documents attached below are released under a permissive.
Previous introductions (…)

Format de fichier 3D des petites molécules et source
Les ligands ou constituants biologiques sont disponibles dans différentes bases de données, trois formats sont le plus souvent utilisés, en fonction de l’utilisation prévue du ligand :
le format SDF, attention ce format permet de représenter les molécules en 2D, il faut être vigilant à télécharger la molécule au format « 3D ». le format MOL2 le format PDB
Il existe de nombreux autres formats pour représenter les petites (…)

Mon article sur le framework Django (https://www.djangoproject.com/) publié dans GNU/Linux magazine no 207 est disponible en ligne sans restriction : https://connect.ed-diamond.com/GNU-Linux-Magazine/GLMF-207/Django-par-la-pratique.
Django est un framework python populaire très performant pour propulser un site web. Son utilité dans le domaine de la bioinformatique n’est plus à démontrer, je l’utilise à titre personnel pour de nombreux projets de recherche.
Pour permettre aux nouveaux (…)