Molecular Modelling and GNU/Linux

Articles les plus récents

• Récupérer les données d’une page internet avec Python

  22 avril, par S. Téletchéa

  En bioinformatique, il est courant de devoir récupérer les informations de différents endroits pour les recouper et les organiser différemment. Par exemple, une liste de gènes d’intérêt peut être identifiée sur le site du National Center for Biotechnology Information (NCBI)) sont disponibles sur le site du [Broad Institute : Genome Aggregration Database (gnomAD)->https://gnomad.broadinstitute.org. Dans cette dernière base de données, la diversité des séquences de chacun de nos gènes est (…)

• Python : bonnes pratiques pour mettre en place un programme

  19 avril 2024, par S. Téletchéa

  La langage python est récemment devenu très populaire de par sa facilité apparente d’utilisation. Il reste néanmoins un langage informatique qui comporte des notions complexes, et une fois les premiers programmes écrits (scripts), il faut assez rapidement réfléchir à structurer le programme pour qu’il devienne exploitable sur le moyen terme, au risque sinon de devenir du code mort, jetable, et donc perdu.
  Pour éviter cette dérive, voici quelques conseils avec des exemples rapides (…)

• Introduction à l’informatique pour les étudiants en biologie

  13 mars 2024, par S. Téletchéa

  Dans le cadre d’enseignements de licence, j’ai l’occasion de faire une introduction à l’informatique à des étudiants en deuxième année de biologie, voici ci-après les documents de cours et les TD associés qui sont mis à la disposition des étudiants. Si vous trouvez ces contenus utiles, merci de me contacter pour me l’indiquer, je pourrai vous transmettre les documents au format éditable sans souci. Ces documents sont fournis sous licence creative commons CC-BY-NC-SA (…)

• Ajouter des polices Windows sous Ubuntu

  19 décembre 2023, par S. Téletchéa

  Les systèmes GNU/Linux contiennent de nombreuses polices de caractères qui sont largement suffisantes pour un usage du quotidien. Il peut cependant arriver que vous ayez à travailler sur un document qui sera partagé avec des collègues sous Windows, qui utiliseront par défaut la police de caractères "Calibri", ce qui rendra le rendu sous linux sous-optimal, car une police de remplacement sera affichée.
  Pour installer les polices complémentaires de celles du système, il est possible (…)

• Introduction to Structural bioinformatics

  18 October 2023, by S. Téletchéa

  This article contains useful links and documents part of an introductory lecture given to lab member of the US2B laboratory (https://us2b.univ-nantes.fr) in October 2023. This page will be updated regularly to add useful information from their feedback.
  As much as possible, the origin and references are given for a more complex introduction to the field, feel free to contact me for further precisions. The documents attached below are released under a permissive.
  Previous introductions (…)

• Introduction à la chémoinformatique : les fichiers pour les petites molécules 3D

  11 octobre 2023, par S. Téletchéa

  Format de fichier 3D des petites molécules et source
  Les ligands ou constituants biologiques sont disponibles dans différentes bases de données, trois formats sont le plus souvent utilisés, en fonction de l’utilisation prévue du ligand :
  le format SDF, attention ce format permet de représenter les molécules en 2D, il faut être vigilant à télécharger la molécule au format « 3D ». le format MOL2 le format PDB
  Il existe de nombreux autres formats pour représenter les petites (…)

• Découverte du Deep Learning

  2 octobre 2023, par S. Téletchéa

  Cette page recense des ressources liées au domaine de l’apprentissage profond, il s’agit d’un article en évolution constante.
  Qu’est-ce qu’un transformer ?
  https://ledatascientist.com/a-la-decouverte-du-transformer/
  https://www.openstudio.fr/2022/02/08/fonctionnement-des-transformers-et-leurs-applications/
  https://www.journaldunet.fr/web-tech/guide-de-l-intelligence-artificielle/1508983-transformer-deep-learning/
  BERT (…)

• XmGrace day-to-day usage

  17 August 2023, by S. Téletchéa

  Before finding the wonderful XmGrace software, i’d loose time to do calculations, regressions, etc.
  With this software, i’ve been able to do in a more robust manner and more rapidly everything i could do before and much more.
  Here are some examples of what i’m using.
  Some basics commands i use with XmGrace are detailed below.
  Renormalizing a plot (mostly angles between -180 and +180, you want it between 0 and 360 )
  Load your file into xmgrace Go to (…)

• Django setup with rdkit for chemoinformatics studies

  17 August 2023, by S. Téletchéa

  Although Rdkit and Django installation and deployment are well documented independently, it may become rapidly difficult to a newcomer to get a simple rdkit + django implementation working using a real apache backend. This article will detail how they can be implemented and used for a small demonstration application.
  Django setup
  We will first create our django sample application using virtualenv and pip.
  virtualenv venv source venv/bin/activate pip install django==3.2.20
  Now that (…)

• DockNmine, a Web Portal to Assemble and Analyse Virtual and Experimental Interaction Data

  17 August 2023, by S. Téletchéa

  My latest article is published online, its objectives are to assemble virtual and experimental data on public and private ligands, in order to provide a broader overview of the performance of virtual screening studies.
  You can find the complete article online, do not hesitate to contact me for further explanations, demands, comments, etc.
  You can also browse it directly at the webserver address http://www.ufip.univ-nantes.fr/tools/docknmine.
  Enjoy!