BioInformatique

La langage python est récemment devenu très populaire de par sa facilité apparente d’utilisation. Il reste néanmoins un langage informatique qui comporte des notions complexes, et une fois les premiers programmes écrits (scripts), il faut assez rapidement réfléchir à structurer le programme pour qu’il devienne exploitable sur le moyen terme, au risque sinon de devenir du code mort, jetable, et donc perdu.
Pour éviter cette dérive, voici quelques conseils avec des exemples rapides (…)

Before finding the wonderful XmGrace software, i’d loose time to do calculations, regressions, etc.
With this software, i’ve been able to do in a more robust manner and more rapidly everything i could do before and much more.
Here are some examples of what i’m using.
Some basics commands i use with XmGrace are detailed below.
Renormalizing a plot (mostly angles between -180 and +180, you want it between 0 and 360 )
Load your file into xmgrace Go to (…)

If in doubt, go for Python :-)
There are many ways to compare the "popularity" of programming languages used nowadays. It can be monitored from the demands of companies nearby you, from the relationships you may have access to (aka "the developpers"), or even by following the guidance of university teachers.
Since this is a complex problem, there is no easy answer to this question. For a rapid comparison, you can for instance use google trends to compare PHP and Python queries over time. (…)

Comment exécuter facilement un programme plus rapidement sur un ordinateur moderne ?
Voici les commandes rapides pour transformer un programme monotâche en python en programme capable d’utiliser tous les processeurs de votre machine.
Programme exemple monotâche en biopython
Le code simplifié ci-dessous permet de lire l’ensemble des transcrits du transcriptome de Physarum polycephalum autrement connu sous le nom de BLOB, vous pouvez trouver une présentation sur YouTube de ce petit (…)

BLAST is a very powerful and widely used method for querying large sequence databases for sequence proximity with a sequence of interest. This difficult problem requires a fast algorithm designed for nucleic and protein sequences only since their alphabet is limited (5 bases for nucleotides, 21 amino acids for protein), but sequence length can be very long (more than 40000 amino). An example of BLAST installation and usage is provided below.
BLAST Installation
Basic Local Alignment (…)