Molecular Modelling and GNU/Linux

Articles les plus récents

• What’s in a (Red Blood) Cell?

  17 August 2023, by S. Téletchéa

  The red blood cell is a metabolically-driven cell where protein synthesis or dna material is no more available. This specific cell is essential for life, and a tremendous amount of work has been performed to decipher the complexity of RBC during the cell differentiation process and its entire lifespan.
  Red blood cells contain a very large amount of hemoglobin, essential for breathing, involved in oxygen transport and exchange. This mechanism is understood in detail but there is a lot of (…)

• Adding timestamps in crontabs

  17 August 2023, by S. Téletchéa

  Crontab entries are great to periodically execute a command, but lack advanced logging facilities. This article will just highlight a rapid tip to enhance this situation.
  The cron service is meant to execute periodically a given task, but it lacks a proper logging facility.
  To add a specific unique logging entry, we will use a variable define inside the crontab command line. Here is the content of my command line
  LOG=/home/me/log/ PROGDIR=/home/me/bin
  22 6 * * 1-7 (…)

• The "art" of scientific writing in English (for a non native)

  17 August 2023, by S. Téletchéa

  A simple how-to of frequent errors made while writing an article in English (American)
  Of course, since I’m French, this article will be far from being complete, so do not hesitate to correct me !
  Rule 1 - Define the topic of your research publication
  http://abacus.bates.edu/ ganderso/biology/resources/writing/HTWstrategy.html
  Rule 2 - Start your document with well-defined sections
  http://geog.arizona.edu/ comrie/geog230/report.htm (…)

• Pourquoi promovoir GNU/Linux ?

  15 août 2023, par S. Téletchéa

  (réédition d’un article écrit il y a 20 ans...)
  Pour ceux qui ne sont pas encore familiers avec les notions informatiques, je vais faire un petit résumé : un ordinateur (le matériel) a besoin d’un système d’exploitation pour être utilisé (les logiciels).
  Si vous ne pouvez pas facilement fabriquer le matériel, et le reproduire, il n’en est pas de même des logiciels. En effet, le coup de copie d’un logiciel est marginal (on peut multiplier les bits pour pas un rond, juste quelques Watts). (…)

• Un superconducteur à température ambiante, le vrai du faux du LK-99

  12 août 2023, par S. Téletchéa

  Le 22 juillet dernier, les chercheurs coréens Sukbae Lee, Jihoon Kim, Hyun-Tak Kim, Sungyeon Im, SooMin An, Keun Ho Auh ont mis en ligne un article en pré-soumission (https://arxiv.org/abs/2307.12037, https://arxiv.org/abs/2307.12008) dans lequel ils affirment avoir synthétisé puis testé le premier matériau supraconducteur à haute température. Devant l’importance de cette annonce, j’ai moi aussi été curieux de savoir ce qu’il en était, tant les implications pour notre vie quotidienne sont (…)

• Django par la pratique

  29 juin 2023, par S. Téletchéa

  Mon article sur le framework Django (https://www.djangoproject.com/) publié dans GNU/Linux magazine no 207 est disponible en ligne sans restriction : https://connect.ed-diamond.com/GNU-Linux-Magazine/GLMF-207/Django-par-la-pratique.
  Django est un framework python populaire très performant pour propulser un site web. Son utilité dans le domaine de la bioinformatique n’est plus à démontrer, je l’utilise à titre personnel pour de nombreux projets de recherche.
  Pour permettre aux nouveaux (…)

• How popular is a programming language (in bioinformatics) ?

  29 juin 2023, par S. Téletchéa

  If in doubt, go for Python :-)
  There are many ways to compare the "popularity" of programming languages used nowadays. It can be monitored from the demands of companies nearby you, from the relationships you may have access to (aka "the developpers"), or even by following the guidance of university teachers.
  Since this is a complex problem, there is no easy answer to this question. For a rapid comparison, you can for instance use google trends to compare PHP and Python queries over time. (…)

• Peut-on battre Google pour la prédiction de la structure des protéines ?

  29 juin 2023, par S. Téletchéa

  Peut-être ...
  Mais pour cela il faut recontextualiser le problème, comprendre ce qu’est une protéine, et imaginer quelles méthodes sont mises en jeu ou devraient être développer. Pour expliquer ces concepts, j’ai rédigé un article à destination du grand public.
  Dans cet article, j’ai présenté les grandes lignes de l’approche de google, puis les éléments à prendre en compte pour valider s’ils ont raison, puis enfin discuté (un peu) d le l’avenir du domaine de la prédiction de structures (…)

• Interesting PyMol plugins

  29 June 2023, by S. Téletchéa

  Here is a short list of plugins related to protein structure analysis.
  xPyder : a PyMOL plugin to analyze coupled residues and their networks in protein structures
  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22721491/
  Azahar : a PyMOL plugin for construction, visualization and analysis of glycan molecules
  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27549814/
  bcl::Cluster : A method for clustering biological molecules coupled with visualization in the Pymol Molecular Graphics System (…)

• Surveillance des jalons de la biologie synthétique

  29 juin 2023, par S. Téletchéa

  Cette page regroupe quelques liens remarquables ayant comme perspectives la production de composés non naturels inspirés de la nature.
  Cell-free chemoenzymatic starch synthesis from carbon dioxide
  https://www.science.org/doi/10.1126/science.abh4049 The coming of age of de novo protein design
  https://www.nature.com/articles/nature19946 PyPEF—An Integrated Framework for Data-Driven Protein Engineering
  https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jcim.1c00099 Entreprises (…)