Molecular Modelling and GNU/Linux

Articles les plus récents

• Introduction à la chémoinformatique : les fichiers pour les petites molécules 3D

  11 octobre 2023, par S. Téletchéa

  Format de fichier 3D des petites molécules et source
  Les ligands ou constituants biologiques sont disponibles dans différentes bases de données, trois formats sont le plus souvent utilisés, en fonction de l’utilisation prévue du ligand :
  le format SDF, attention ce format permet de représenter les molécules en 2D, il faut être vigilant à télécharger la molécule au format « 3D ». le format MOL2 le format PDB
  Il existe de nombreux autres formats pour représenter les petites (…)

• Découverte du Deep Learning

  2 octobre 2023, par S. Téletchéa

  Cette page recense des ressources liées au domaine de l’apprentissage profond, il s’agit d’un article en évolution constante.
  Qu’est-ce qu’un transformer ?
  https://ledatascientist.com/a-la-decouverte-du-transformer/
  https://www.openstudio.fr/2022/02/08/fonctionnement-des-transformers-et-leurs-applications/
  https://www.journaldunet.fr/web-tech/guide-de-l-intelligence-artificielle/1508983-transformer-deep-learning/
  BERT (…)

• XmGrace day-to-day usage

  17 August 2023, by S. Téletchéa

  Before finding the wonderful XmGrace software, i’d loose time to do calculations, regressions, etc.
  With this software, i’ve been able to do in a more robust manner and more rapidly everything i could do before and much more.
  Here are some examples of what i’m using.
  Some basics commands i use with XmGrace are detailed below.
  Renormalizing a plot (mostly angles between -180 and +180, you want it between 0 and 360 )
  Load your file into xmgrace Go to (…)

• Django setup with rdkit for chemoinformatics studies

  17 August 2023, by S. Téletchéa

  Although Rdkit and Django installation and deployment are well documented independently, it may become rapidly difficult to a newcomer to get a simple rdkit + django implementation working using a real apache backend. This article will detail how they can be implemented and used for a small demonstration application.
  Django setup
  We will first create our django sample application using virtualenv and pip.
  virtualenv venv source venv/bin/activate pip install django==3.2.20
  Now that (…)

• DockNmine, a Web Portal to Assemble and Analyse Virtual and Experimental Interaction Data

  17 August 2023, by S. Téletchéa

  My latest article is published online, its objectives are to assemble virtual and experimental data on public and private ligands, in order to provide a broader overview of the performance of virtual screening studies.
  You can find the complete article online, do not hesitate to contact me for further explanations, demands, comments, etc.
  You can also browse it directly at the webserver address http://www.ufip.univ-nantes.fr/tools/docknmine.
  Enjoy!

• What’s in a (Red Blood) Cell?

  17 August 2023, by S. Téletchéa

  The red blood cell is a metabolically-driven cell where protein synthesis or dna material is no more available. This specific cell is essential for life, and a tremendous amount of work has been performed to decipher the complexity of RBC during the cell differentiation process and its entire lifespan.
  Red blood cells contain a very large amount of hemoglobin, essential for breathing, involved in oxygen transport and exchange. This mechanism is understood in detail but there is a lot of (…)

• Adding timestamps in crontabs

  17 August 2023, by S. Téletchéa

  Crontab entries are great to periodically execute a command, but lack advanced logging facilities. This article will just highlight a rapid tip to enhance this situation.
  The cron service is meant to execute periodically a given task, but it lacks a proper logging facility.
  To add a specific unique logging entry, we will use a variable define inside the crontab command line. Here is the content of my command line
  LOG=/home/me/log/ PROGDIR=/home/me/bin
  22 6 * * 1-7 (…)

• The "art" of scientific writing in English (for a non native)

  17 August 2023, by S. Téletchéa

  A simple how-to of frequent errors made while writing an article in English (American)
  Of course, since I’m French, this article will be far from being complete, so do not hesitate to correct me !
  Rule 1 - Define the topic of your research publication
  http://abacus.bates.edu/ ganderso/biology/resources/writing/HTWstrategy.html
  Rule 2 - Start your document with well-defined sections
  http://geog.arizona.edu/ comrie/geog230/report.htm (…)

• Pourquoi promovoir GNU/Linux ?

  15 août 2023, par S. Téletchéa

  (réédition d’un article écrit il y a 20 ans...)
  Pour ceux qui ne sont pas encore familiers avec les notions informatiques, je vais faire un petit résumé : un ordinateur (le matériel) a besoin d’un système d’exploitation pour être utilisé (les logiciels).
  Si vous ne pouvez pas facilement fabriquer le matériel, et le reproduire, il n’en est pas de même des logiciels. En effet, le coup de copie d’un logiciel est marginal (on peut multiplier les bits pour pas un rond, juste quelques Watts). (…)

• Un superconducteur à température ambiante, le vrai du faux du LK-99

  12 août 2023, par S. Téletchéa

  Le 22 juillet dernier, les chercheurs coréens Sukbae Lee, Jihoon Kim, Hyun-Tak Kim, Sungyeon Im, SooMin An, Keun Ho Auh ont mis en ligne un article en pré-soumission (https://arxiv.org/abs/2307.12037, https://arxiv.org/abs/2307.12008) dans lequel ils affirment avoir synthétisé puis testé le premier matériau supraconducteur à haute température. Devant l’importance de cette annonce, j’ai moi aussi été curieux de savoir ce qu’il en était, tant les implications pour notre vie quotidienne sont (…)