Molecular Modelling and GNU/Linux

Articles les plus récents

• Django par la pratique

  29 juin 2023, par S. Téletchéa

  Mon article sur le framework Django (https://www.djangoproject.com/) publié dans GNU/Linux magazine no 207 est disponible en ligne sans restriction : https://connect.ed-diamond.com/GNU-Linux-Magazine/GLMF-207/Django-par-la-pratique.
  Django est un framework python populaire très performant pour propulser un site web. Son utilité dans le domaine de la bioinformatique n’est plus à démontrer, je l’utilise à titre personnel pour de nombreux projets de recherche.
  Pour permettre aux nouveaux (…)

• How popular is a programming language (in bioinformatics) ?

  29 juin 2023, par S. Téletchéa

  If in doubt, go for Python :-)
  There are many ways to compare the "popularity" of programming languages used nowadays. It can be monitored from the demands of companies nearby you, from the relationships you may have access to (aka "the developpers"), or even by following the guidance of university teachers.
  Since this is a complex problem, there is no easy answer to this question. For a rapid comparison, you can for instance use google trends to compare PHP and Python queries over time. (…)

• Peut-on battre Google pour la prédiction de la structure des protéines ?

  29 juin 2023, par S. Téletchéa

  Peut-être ...
  Mais pour cela il faut recontextualiser le problème, comprendre ce qu’est une protéine, et imaginer quelles méthodes sont mises en jeu ou devraient être développer. Pour expliquer ces concepts, j’ai rédigé un article à destination du grand public.
  Dans cet article, j’ai présenté les grandes lignes de l’approche de google, puis les éléments à prendre en compte pour valider s’ils ont raison, puis enfin discuté (un peu) d le l’avenir du domaine de la prédiction de structures (…)

• Interesting PyMol plugins

  29 June 2023, by S. Téletchéa

  Here is a short list of plugins related to protein structure analysis.
  xPyder : a PyMOL plugin to analyze coupled residues and their networks in protein structures
  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22721491/
  Azahar : a PyMOL plugin for construction, visualization and analysis of glycan molecules
  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27549814/
  bcl::Cluster : A method for clustering biological molecules coupled with visualization in the Pymol Molecular Graphics System (…)

• Surveillance des jalons de la biologie synthétique

  29 juin 2023, par S. Téletchéa

  Cette page regroupe quelques liens remarquables ayant comme perspectives la production de composés non naturels inspirés de la nature.
  Cell-free chemoenzymatic starch synthesis from carbon dioxide
  https://www.science.org/doi/10.1126/science.abh4049 The coming of age of de novo protein design
  https://www.nature.com/articles/nature19946 PyPEF—An Integrated Framework for Data-Driven Protein Engineering
  https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jcim.1c00099 Entreprises (…)

• Parallélisation rapide de code (bio)python

  29 juin 2023, par S. Téletchéa

  Comment exécuter facilement un programme plus rapidement sur un ordinateur moderne ?
  Voici les commandes rapides pour transformer un programme monotâche en python en programme capable d’utiliser tous les processeurs de votre machine.
  Programme exemple monotâche en biopython
  Le code simplifié ci-dessous permet de lire l’ensemble des transcrits du transcriptome de Physarum polycephalum autrement connu sous le nom de BLOB, vous pouvez trouver une présentation sur YouTube de ce petit (…)

• Making use of BLAST, example on the COVID-19 genome

  28 juin 2023, par S. Téletchéa

  BLAST is a very powerful and widely used method for querying large sequence databases for sequence proximity with a sequence of interest. This difficult problem requires a fast algorithm designed for nucleic and protein sequences only since their alphabet is limited (5 bases for nucleotides, 21 amino acids for protein), but sequence length can be very long (more than 40000 amino). An example of BLAST installation and usage is provided below.
  BLAST Installation
  Basic Local Alignment (…)