Adding timestamps in crontabs

Crontab entries are great to periodically execute a command, but lack advanced logging facilities. This article will just highlight a rapid tip to enhance this situation.
The cron service is meant to execute periodically a given task, but it lacks a proper logging facility.
To add a specific unique logging entry, we will use a variable define inside the crontab command line. Here is the content of my command line
LOG=/home/me/log/ PROGDIR=/home/me/bin
22 6 * * 1-7 (…)

Peut-on battre Google pour la prédiction de la structure des protéines ?
29 juin 2023, par S. Téletchéa

Peut-être ...
Mais pour cela il faut recontextualiser le problème, comprendre ce qu’est une protéine, et imaginer quelles méthodes sont mises en jeu ou devraient être développer. Pour expliquer ces concepts, j’ai rédigé un article à destination du grand public.
Dans cet article, j’ai (…)
Interesting PyMol plugins
29 June 2023, by S. Téletchéa

Here is a short list of plugins related to protein structure analysis.
xPyder : a PyMOL plugin to analyze coupled residues and their networks in protein structures
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22721491/
Azahar : a PyMOL plugin for construction, visualization and analysis of glycan (…)
Surveillance des jalons de la biologie synthétique
29 juin 2023, par S. Téletchéa

Cette page regroupe quelques liens remarquables ayant comme perspectives la production de composés non naturels inspirés de la nature.
Cell-free chemoenzymatic starch synthesis from carbon dioxide
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abh4049 The coming of age of de novo protein (…)
Parallélisation rapide de code (bio)python
29 juin 2023, par S. Téletchéa

Comment exécuter facilement un programme plus rapidement sur un ordinateur moderne ?
Voici les commandes rapides pour transformer un programme monotâche en python en programme capable d’utiliser tous les processeurs de votre machine.
Programme exemple monotâche en biopython
Le code (…)
Making use of BLAST, example on the COVID-19 genome
28 juin 2023, par S. Téletchéa

BLAST is a very powerful and widely used method for querying large sequence databases for sequence proximity with a sequence of interest. This difficult problem requires a fast algorithm designed for nucleic and protein sequences only since their alphabet is limited (5 bases for nucleotides, 21 (…)

Molecular Modelling and GNU/Linux Where Penguins Meet Molecules

Molecular Modelling and GNU/Linux

Adding timestamps in crontabs

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